Już w 1841 r. kościół ewangelicki na Rynku poświęcony w 1785 r. okazał się zbyt ciasny na potrzeby rozwijającej się miejscowej parafii. Starania o budowę większej świątyni, ponawiane w kolejnych latach, szły dość opornie. Wprawdzie w 1870 r. projekt przedstawił Martini z Torunia, ale dopiero w 1881 r. zakupiono leżące na wschód od Starego Miasta obszerne "tabaczane pole" nad Trynką, przy dzisiejszej ul. Mickiewicza, a sięgające wzdłuż kanału aż do dzisiejszej ul. Kosynierów Gdyńskich. W 1889 r. zbudowano tam budynek I plebanii (proj. Krüger). Plany nowego kościoła na 1600 miejsc siedzących sporządził popularny architekt August Menken z Berlina. Poświęcenie kamienia węgielnego nastąpiło 21 maja 1896, a uroczystość poświęcenia gotowej budowli 20 czerwca 1898. Wkrótce potem obok wzniesiono dalsze domy mieszkalne dla pastorów i pracowników kościelnych, a 28 stycznia 1910 poświęcono Dom Ewangelicki z salą na 600 miejsc (według innych źródeł na 1200), w której odbywały się różnego rodzaju zgromadzenia, koncerty i dodatkowe nabożeństwa świąteczne.

    Po odzyskaniu niepodległości w 1920 r. dotychczasowy dom parafialny okazał się za duży i stał się siedzibą amatorskiej Sceny Niemieckiej, nadal też odbywały się w nim koncerty. Kościół był własnością Kościoła Ewangelicko-Unijnego, o niemieckim obliczu narodowym. Wprawdzie 19 maja 1923 ks. kapelan Józef Mamica z Poznania odprawił w nim pierwsze nabożeństwo polskie dla ewangelików wojskowych i cywilnych, jednak na kolejne zarząd parafii unijnej już w tym miejscu nie pozwolił. Ostatecznie polski zbór ewangelicko-augsburski w Grudziądzu zorganizował się w 1931 r. i ks. Jerzy Kahané z Bydgoszczy pierwsze nabożeństwo odprawił 7 kwietnia właśnie w tym kościele, odtąd już życzliwie udostępnianym przez niemiecką parafię i jej duszpasterza ks. Reinholda Dieballa aż do wybuchu II wojny światowej. Ostatnie niemieckie nabożeństwo ewangelickie odprawił pastor Stöhr 22 stycznia 1945.

    Podczas walk o miasto kościół został poważnie uszkodzony, a dom parafialny i jedna z plebanii uległy całkowitemu zniszczeniu. 4 czerwca 1945 opuszczona świątynia została przydzielona w użytkowanie rzymskokatolickiej parafii farnej św. Mikołaja. 

       10 października 1947 r. został poświęcony i oddany w ręce księży marianów. W tym samym roku decyzją władz świątynia znowu została przekazana polsko - katolikom, którzy użytkowali ją aż do 1958 r., kiedy ponownie księża marianie powrócili do kościoła, a 9 sierpnia 1958 r. biskup chełmiński Kazimierz Józef Kowalski dokonał jego poświęcenia.

      Zdewastowana budowla została odbudowana w 1962 r. wtedy to zmodernizowano wnętrze (według projektu J. Jędrzejewskiego). W 1969 r. zmodernizowano prezbiterium (inż. Szymański z Warszawy), potem prowadzono kolejne prace. W latach 1985–1987 wzniesiono nowy dom parafialny i zakonny. Początkowo był to kościół tzw. młodzieżowy, od 1 lipca 1971 istnieje parafia, nadal prowadzona przez marianów.